Grid systems for bioinformatics and medical research

Europe/Zurich
I. 103-104. (Szegedi Akadémiai Bizottság, Szeged, Somogyi u. 7.)

I. 103-104.

Szegedi Akadémiai Bizottság, Szeged, Somogyi u. 7.

Miklós Kozlovszky (MTA SZTAKI)
Description
Presentations on this day are devoted to introduce Grid solutions for supporting bioinformatics and medical research. The meeting is organized in the framework of the Celebration of Hungarian Science. The presenatations will be given in Hungarian.

A Magyar Tudomány Ünnepéhez kapcsolódó rendezvény célja a grides technológiákban rejlő lehetőségek bemutatása elsősorban bioinformatikával és orvosbiológiával foglalkozó kutatók számára. A fél napos előadássorozatot az MTA Számítástechnikai és Automatizálási Kutatóintézete (SZTAKI) szervezi. Az előadások átfogó képet nyújtanak a nagy számítási és adattárolási szolgáltatásokat kínáló Grid rendszerekről, illetve az ezeket felhasználó bioinformatikai és orvosbiológiai alkalmazásokról. A Grid technológiák lehetővé teszik tudományos kutatói közösségek számára, hogy bonyolult modelleket és szimulációkat futtassanak, hogy nagy méretű adathalmazokat kezeljenek és dolgozzanak fel. Az előadások érthető, nem technikai jellegű ismertetőt adnak az üzemszerűen működő Gridek felépítéséről, bemutatják a legnagyobb európai griden fejlesztett bioinformatikus alkalmazásokat, az Egyesült Királyságban alkalmazott bioinformatikus Grid megoldásokat, valamint az európai CancerGrid projekt eredményeit. Emellett ismertetésre kerül az a Grid alkalmazások fejlesztését támogató központ is, amelyet az MTA SZTAKI üzemeltet és amelynek célja a biológus, orvosbiológus és bioinformatikus szakemberek segitése a Grid rendszerek használatában.

Előadók

Az előadók az MTA SZTAKI Párhuzamos és Elosztott Rendszerek Laboratóriumának kutatói, akik számos grid projekt és közösség tagjaként jelentős tapasztalattal bírnak grid felhasználók támogatásában, grid alkalmazások fejlesztésében és grid infrastruktúrák üzemeltetésében.

Sipos Gergely 2003 óta az MTA SZTAKI tagja, számos magyarországi es EU kutatási-fejlesztési projektben vett részt. 2005 óta az EGEE Enabling Grids for E-sciencE (EGEE), illetve az ahhoz kapcsolódó ICEAGE (International Collaboration to Extend and Advance Grid Education) és SEE-GRID (South Eastern European GRID-enabled eInfrastructure Development) projektben vesz részt. Az EGEE projektben az oktatási tevékenységek helyettes koordinátora és a közép európai EGEE oktatás felelőse. 2008 május 1-től az EGEE alkalmazás portolást támogató csoportjának is irányítója, felelős új felhasználók támogatásáért, új alkalmazások EGEE gridre való adaptálásáért. Számos Grid iskola, többek között az International Summer School on Grid Computing 2008 szervezője és kiemelt előadója.

Kozlovszky Miklós 2005 óta az MTA SZTAKI tagja, számos magyarországi és EU kutatási-fejlesztési projektben közreműködik, 2006 óta az EGEE Enabling Grids for E-sciencE (EGEE) és SEE-GRID-SCI (South Eastern European GRID-enabled eInfrastructure Development) projektben vesz részt. A SEE-GRID-SCI projektben az oktatási tevékenységek koordinátora. 2008 május 1-től az EGEE alkalmazás portolást támogató csoportjának tagja, felelős új felhasználók támogatásáért, új alkalmazások EGEE gridre való adaptálásáért.

Dr. Kovács József 1998 óta az MTA SZTAKI tagja, részt vett illetve koordinált számos magyarországi és EU kutatás-fejlesztési projektet. 2005 óta a DesktopGrid rendszerek témakörében végzi kutatásait és a labor DesktopGrid csoportjának vezetője. A jelenlegi legjelentősebb projektek, melyekben részt vesz a "Hungarian Advanced Grid (HAGRID)", a "Grid aided computer system for rapid anti-cancer drug design (CancerGRID)" és az "Enabling Desktop Grids for e-Science (EDGeS)".

Helyszin

Szegedi Akadémiai Bizottság
Szeged, Somogyi u. 7., I.em. 103-104.

Regisztráció

Az esemény ingyenes, de előzetes regisztrációt igényel. Regisztrálni a következő form segítségével tud: REGISZTRÁCIÓS FORM

    • 1
      Megnyitó
      Speaker: Dr. Gyimóthy Tibor
    • 2
      Bevezetés az európai és magyar Grid rendszerekbe
      A Grid egy olyan Internetes szolgáltatás, melynek segítségével felhasználók nagy számítási és adattárolási szolgáltatásokat érhetnek el, illetve oszthatnak meg egymással. A Grid nagy segítséget jelent a tudományos kutatók számára, ugyanis lehetővé teszi számukra bonyolult modellek és szimulációk hatékony futtatását, nagy méretű adathalmazok kezelését. A előadás érthető, nem technikai jellegű ismertetőt ad a 1990-es évek közepén megálmodott világ méretű Grid víziójáról majd ismerteti az ebből mára megvalósult, üzemszerűen működő Gridek felépítését, funkcióit és limitációit. Szó esik az önkéntesek által üzemeltetett desktop gridekről, illetve az intézetek által üzemeltetett PC és klaszter alapú gridekről. A hallgatóság átfogó képet kap a világban, Európában illetve Magyarországon futó legfontosabb grides fejlesztésekről, továbbá a nyilvánosan, bárki által elérhető és használható Grid rendszerekről.
      Speaker: Sipos Gergely
      Slides
    • 3
      Rákkutatás grides támogatása a CancerGrid EU FP6 projektben
      A vállalatokon belül megszervezett zárt körű DesktopGrid-ek alkalmasak arra, hogy a gyógyszeriparban napjainkban egyre fontosabbá váló új vegyületek létrehozásának in-silico fázisát biztonságos körülmények között automatizáljuk. Az előadás betekintést ad a jelenleg futó CancerGrid projektben zajló fejlesztésekről, melyek többek között a különböző vegyészeti feladatok dinamikus workflow-k általi feldolgozásáról és egy a workflow-k magas szintű kezelését támogató portal rendszerről szólnak.
      Speaker: Dr. Kovács József
    • 10:30
      Szünet
    • 4
      Bioinformatikai es orvosbiológiai alkalmazások az EGEE európai Griden
      Az Enabling Grids for E-SciencE (EGEE) projekt a világ legnagyobb grid kutatás-fejlesztéssel és üzemeltetéssel foglalkozó projektje. Az EGEE grid több mint 65.000 számítógépével és 20 PetaByte (~20 millió GByte) tárolókapacitásával számos kutatói közösség számára biztosít számítási infrastruktúrát. Az EGEE Grid egyik kiemelt felhasználói közössége az Élettudományok (Life sciences), melynek tagjai elsősorban orvosi képfeldolgozásra, bioinformatikai alkalmazásokra és gyógyszerkutatásra használják az EGEE gridet. Az előadás ismerteti az EGEE Grid Élettudományok közösségének legfontosabb alkalmazásait, továbbá a közösséghez való kapcsolódáshoz és az EGEE grid használatához szükséges legalapvetőbb tudnivalókat. További információ: http://eu-egee.com/
      Speaker: Sipos Gergely
      Slides
    • 5
      Bioinformatikai és orvosbiológiai Grid alkalmazások az Egyesült Királyságban
      Speaker: Kozlovszky Miklós
      Slides
    • 6
      Folding@home - Asztali Grid megoldások a bioinformatikában és orvosbiológiai kutatásban
      A zártkörű vállalati asztali grid (DesktopGrid) rendszerekkel szemben napjainkban egyre nagyobb méreteket öltenek a nyilvános ún. volunteer-computing megoldások. Ilyen nyilvános rendszerek alkalmazhatóságáról, belső szerveződéséről, korlátairól és lehetőségeiről szól ez az előadás.
      Speaker: Dr. Kovács József
    • 7
      GASuC - Grid alkalmazás támogatás az EGEE-III EU FP7 projektben
      Az Enabling Grids for E-SciencE (EGEE) projekt a világ legnagyobb grid kutatás-fejlesztéssel és üzemeltetéssel foglalkozó projektje. A projekt a 2008 májusában indult harmadik ciklusában egy új támogató csoporttal gazdagodott: Az MTA SZTAKI Grid Alkalmazás Támogató Csoportja (Grid Application Support Centre - GASuC) a grid iránt érdeklődő, de a technológiában járatlan kutatói és ipari közösségek számára biztosít konzultációs, oktatási és alkalmazás fejlesztői szolgáltatásokat. A szolgáltatás segítségével könnyen, gyorsan és hatékonyan kerülhetnek alkalmazások az EGEE gridre, vagyis lehetnek képesek kihasználni annak kapacitásait. Az előadás ismerteti az MTA SZTAKI, illetve általában az EGEE projekt alkalmazás támogató tevékenységét, különös tekintettel a kliens központú szolgáltatásaira és azok előnyeire. Az előadás néhány könnyen érthető példán keresztül betekintést ad alkalmazások gridre vitelének folyamatába is. További információ: http://www.lpds.sztaki.hu/gasuc/
      Speaker: Sipos Gergely
      Slides
    • 8
      Jövőkép, diszkusszió
      Speaker: Kozlovszky Miklós
      Slides